Un mal proceso de fermentación puede provocar granos o almendras pizarrosas, violeta, granos sobre fermentado, granos mohosos y otros problemas que redundan en granos de mala calidad y pérdidas para el productor.

Almendras Violetas: Son el producto de una fermentación incompleta y sus almendras producen poco sabor durante el procesamiento industrial. Presentan altos contenidos de purina, poca fragancia y en el caso de los Criollos no se revelan los sabores a almendra y especias.

Almendras Sobre Fermentadas: Dan lugar a almendras con olores pútridos, desagradables, provenientes de la fermentación prolongada que da lugar a la formación de ácido satírico. Esto acontece sobre todo en regiones de alta pluviosidad durante la época de cosecha, cuando las lluvias no permiten que los productores extiendan en el patio de secado las almendras que han cumplido su tiempo de fermentación.

Almendras mohosas: Se producen al fermentar granos provenientes de frutos enfermos o cuando, durante el proceso de fermentación la masa de cacao se contamina con hongos provenientes de las mismas cajas, pilas o canastos donde se fermentan los granos. Hongos de los géneros Aspergillus y Penicillium resultan ser los más frecuentes en estos casos, y cuando por cualquier circunstancia estos hongos sobreviven al secado, y el cacao se ensaca con niveles de humedad superiores al 8%, atraviesan la cutícula que recubre las almendras y colonizan su interior dando como resultado un producto que pierde su sabor y aroma característicos y, por ende, un chocolate de muy mala calidad.

Grano pizarroso (pastoso). Es un grano sin fermentar, que al ser cortado longitudinalmente, presenta en su interior un color gris negruzco o verdoso y de aspecto compacto.

Para una determinación eficiente, rápida y segura de los anteriores factores, se recomienda el uso de la Guillotina Magra 14 fabricada en Suiza.